Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь, где командует её отчим — капитан Видаль. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. Офелия, погруженная в мир сказок, находит поблизости древний заброшенный лабиринт, полный тайн.
Внутри лабиринта её встречает фея, которая приводит девочку к Фавну, хранителю подземного царства. Существо открывает Офелии удивительную правду: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, разыскиваемая своим отцом многие столетия. Чтобы вернуться домой, ей предстоит выполнить три испытания до полнолуния, храня свои приключения в строжайшей тайне ото всех.